La grande peste de juillet 1564 qui ravageait Lyon et le pays de Velin jusqu'à Crémieu, paralysa tous commerces. Les routes furent désertées, les étrangers refoulés, tant était grande la peur inspirée par cette terrible maladie qui détruisit en quelques jours la population des hameaux et des villages. Gabriel de la Poype St Julien, le 25 février 1590, rappelle de Crémieu plusieurs compagnies détachées à Bourgoin pour lutter contre les lieutenants de Lesdiguières qui venaient de battre à Charvieu et au Pont de Cheruis des hommes du Lyonnais qui se dirigeaient vers Crémieu.
La peste réapparut en 1628 et sévit durant une année dans le lyonnais. Elle réapparut en 1631, 1640 et 1650, traînant derrière elle des chapelets de cercueils.